Séminaire PhilBio : 2013-2014

Séminaire Philbio invité Jean Gayon

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Thursday 19 September 2013 - 14:00 to 16:00
IHPST - Salle de conférence

Le séminaire de philosophie de la biologie de l'IHPST fait sa rentrée. Lors de la première séance, Jean Gayon (Paris 1, IHPST) intervient sur la question : "Peut-on et doit-on définir la vie?".
 

Après avoir été bannie du champ des questions scientifiques dans la seconde moitié du 20e siècle (notamment François Jacob 1970), la question de la définition de la vie est de nouveau d’actualité. Ma communication examine pourquoi, et développe les idées suivantes.

  1. Je fais d’abord le constat que la reconnaissance de « la vie » (i.e. de ce que nous reconnaissons comme vivant dans le monde de l’expérience, a toujours été et demeure un processus intuitif, pour le savant comme pour le profane. On ne doit donc pas s’attendre à pouvoir aisément tirer une définition de la vie à partir de cette expérience préréflexive, car notre appareil cognitif n’a pas été conçu dans ce but.
  2. Je considérerai ensuite la question de savoir si et pourquoi la vie doit être définie par la science. Je rappellerai la distinction classique entre les définitions lexicales (fondées sur les usages courants d’un mot), et les définitions stipulatives (ou « législatives »), qui assignent délibérément un sens à un mot, dans le but de clarifier des arguments scientifiques ou philosophiques. Dans la science contemporaine, il y a de très nombreuses définitions lexicales de la vie, mais peu de définitions stipulatives ; l’intérêt de celles-ci est en outre fortement contesté. Je rappellerai au passage l’importante critique que Karl Popper a faite de la définition comme méthode de connaissance dans les sciences et en philosophie, méthode dont il a dénoncé la stérilité. Ce texte capital de Popper (The Open Society and its Ennemies, London, Routledge and Kegan Paul, 1945 : vol. II), étroitement lié à son combat contre l’essentialisme, a été curieusement écarté de la traduction française de La Société ouverte et ses ennemis. Comme Popper, je suis sceptique sur l’intérêt des définitions comme enjeu fondamental de connaissance, et comme lui je suis convaincu de leur importance dans un but pragmatique de communication. À cet égard, une distinction supplémentaire particulièrement utile dans le cas de la vie, la distinction entre définition théorique et critères de reconnaissance. Je suis sceptique sur la possibilité de trouver une définition de la vie en un sens fort ; en revanche, il est extrêmement utile aujourd’hui de disposer de critères de reconnaissance de la vie dans des domaines comme l’exobiologie, la vie artificielle, et l’étude des origines de la vie.
  3. J’examine ensuite les définitions théoriques courantes de la vie qui sont aujourd’hui discutées dans la littérature scientifique, et propose une classification. Certaines mettent l’accent sur le métabolisme (et donc « l’automaintien », voire « l’autoproduction »), d’autres sur la reproduction et l’évolution, d’autres encore se démarquent de ces définitions et se tournent plus ou moins ouvertement vers une approche philosophique (voir Gayon, J., Malaterre, C., Morange, M., Raulin-Cerceau, F., & Tirard, S, eds. Defining Life. Numéro spécial de Origin of Life and Evolution of the Biosphere, 40, 2010). J’examine plus particulièrement l’enjeu d’une définition de le vie dans le domaine des études sur les origines de la vie.
  4. Je tourne mon attention, enfin, vers les « définitions philosophiques de la vie (animation, mécanisme, organisation), dont Georges Canguilhem a offert un panorama saisissant dans l’article encyclopédique « Vie » qu’il a publié en 1968 (“Vie”. In Encyclopaedia universalis, 1968). Il est à noter que ces trois concepts philosophiques de la vie ont été élaborés avant l’émergence de la « biologie » comme discipline scientifique explicitement caractérisée comme science de tous les phénomènes et êtres vivants et d’eux seuls (Hanov 1766, Bichat 1801, Lamarck 1802, Treviranus 1802, voir Gayon in Monnoyeur 2008, et Mclaughlin, “Naming Biology”. Journal of The History of Biology, 35 : 1-4). Ces trois concepts constituent un héritage commun qui persiste à structurer la connaissance scientifique comme la connaissance commune de la vie aujourd’hui. J’attirerai l’attention sur l’écho que ces définitions traditionnelles trouvent dans les définitions scientifiques contemporaines de la vie, et dans le lexique usuel dont nous nous servons pour désigner les êtres vivants (notamment le terme d’“organisme”).

Séminaire Philbio invité Jean Deutsch

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Thursday 17 October 2013 - 14:00 to 16:00
IHPST - Salle de conférence

La prochaine séance du séminaire Philbio reçoit Jean Deutsch, (Université Pierre et Marie Curie, Paris 6) qui intervient sur la question suivante : "La crise actuelle du concept moléculaire de gène".

Le concept moléculaire du gène, défini dans les années 1960 comme un segment continu d’ADN codant, est aujourd’hui obsolète : il ne répond plus aux nouvelles découvertes de la génétique moléculaire des dernières décennies. Je présente quelques propositions qui permettraient de résoudre cette crise conceptuelle. Je discute en particulier de la différence nécessaire entre « message » et « information » ; des différentes instances où le message génétique est inscrit ; de la « syntaxe génomique » qui organise les messages génétiques.

Séminaire PhilBio invité James Dyke

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Thursday 7 November 2013 - 14:00 to 16:00
IHPST - Salle de conférence

James Dyke intervient au séminaire philbio sur le thème "The emergence of environmental homeostasis in complex ecosystems".

Séminaire PhilBio invité Werner Callebaut

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Wednesday 20 November 2013 - 11:00 to 13:00
IHPST - Salle de conférence

Werner Callebaut (Konrad Lorenz Institute) intervient sur la question suivante : La philosophie de la biologie comme biologie théorique : une promesse mal tenue ?

Il est plus facile de définir la philosophie de la biologie contemporaine, née dans les années 1970, que la biologie théorique d’hier et d’aujourd’hui. En ce qui concerne la philosophie de la biologie, j’adopterai la position de Stotz et Griffiths (2003) : elle concerne tout débat biologique dans lequel des questions conceptuelles et empiriques sont tellement enchevêtrées que tout progrès requiert les outils de l’analyse philosophique autant que des connaissances scientifiques. C’est d’une philosophie de la biologie ‘naturalisée’ de manière cohérente (voir Callebaut 2005, 2007) que David Hull (1969) espérait qu’elle puisse découvrir, expliquer et même résoudre des problèmes en théorie et méthodologie biologiques.

Pour circonscrire la biologie théorique de manière utile, je suggèrerai qu’il vaut la peine de revisiter les grands théoriciens allemands et autrichiens comme Johannes Reinke (1849-1931), Jakob von Uexküll (1864-1944), Julius Schaxel (1887-1943) et Ludwig von Bertalanffy (1901-1972) (voir Callebaut 2013a). Qu’est-ce qui distingue les théories biologiques de leurs rivales — c’est le cas de le dire — en physique et chimie ? Quelles sont les relations entre théorisation et modélisation en biologie ?

Je passerai en revue un nombre de contributions philosophiques qui passent le test de « contribution à la biologie théorique ». Mais ma préoccupation principale seront les « tendances scolastiques » qui semblent caractériser de plus en plus la philosophie de la biologie aujourd’hui (Kitcher 2012 ; Callebaut 2013b)."


Références:

  • Callebaut W (2005) "Again, what the philosophy of biology is not". Acta Biotheoretica 53:93-122
  • Callebaut W (2007) "Transcendental niche construction". Acta Biotheoretica 55:73-90
  • Callebaut W (2013a) "Naturalizing theorizing: Beyond a theory of biological theories". Biological Theory 7:413-429
  • Callebaut W (2013b) "Scholastic temptations in the philosophy of biology". Biological Theory 8:1-6
  • Hull DL (1969) What philosophy of biology is not. Journal of the History of Biology" 2:241-268; Synthese 20:157-184
  • Kitcher P (2012) Preludes to Pragmatism: Toward a Reconstruction of Philosophy. Oxford UP
  • Stotz K, Griffiths PE (2003) How biologists conceptualize genes : An empirical study (ms.)




Veuillez trouver ci-dessous le programme des prochaines séances :

  • 5 décembre - Virginie Maris et Vincent Devictor - Quand la nature déborde (en partenariat avec le séminaire HPSE)
  • 9 janvier - Marie Kaiser - TBA
  • 27 février - Livio Riboli-Sasco - TBA
  • 20 mars - Laurent Loison - Pourquoi la biologie moléculaire a-t-elle fait le choix du déterminisme?

Séminaire PhilBio invité Virginie Maris & Vincent Devictor

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Thursday 5 December 2013 - 14:00 to 16:00
46 rue d'Ulm - 5eme étage - salle 513

La séance du séminaire philbio du jeudi 5 décembre 2014 est organisée en partenariat avec le séminaire HPSE (BIOEMCO-ENS). Virginie Maris (CEFE, Montpellier) et Vincent Devictor (ISEM, Montpellier) interviennent sur le thème : "Quand la nature déborde".

Notez que la séance n'a pas lieu dans la salle habituelle mais au 46 rue d'ulm, 5eme étage, salle 513.

Séminaires PhilBio et PhilMed

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IHPST - Salle de conférence

Dr. John Matthewson (Massey University, Sydney University, Charles Perkins Centre) interviendra sur : "Adaptationism and the evolutionary medicine revolution" dans le cadre des séminaires PhilMed et PhilBio à l'IHPST de 14h à 16h.

Il s'agit d'une séance exceptionnelle des séminaires PhilMed et PhilBio, séminaires de philosophie de la médecine et de la biologie. Le sujet propre à cette séance - la médecine évolutionnaire - étant au croisement de la philosophie de la médecine et de la philosophie de la biologie, il est susceptible d’intéresser tous ceux qui suivent avec intérêt les activités de ces séminaires.


A NOTER que cette séance se tiendra juste après une séance du séminaire PhilBio, qui aura lieu le jeudi 5 décembre à 14h. A NOTER également la prochaine séance du séminaire PhilMed qui aura lieu le 16 décembre de 13h à 15h sur le thème de la définition de la maladie. Contact : sem.philmedATgmail.com



Résumé :
In the 1990s George C. Williams and Randolph Nesse announced the beginning of a possible paradigm shift in medical education, research and treatment. In their view, the utilisation of evolutionary principles in medicine was going to revolutionise the domain.

However, more than 20 years later this "revolution" has been rather underwhelming, at least as far as the management of non-communicable diseases is concerned. Although an evolutionary perspective has provided some explanations for why we get sick, it has not produced much in the way of new research directions or treatment outcomes. After so much promise, we might wonder whether the failure of evolutionary medicine to live up to expectations is because it actually cannot deliver the goods, or because researchers have not always approached the issues in the right way.

In an attempt to address this question, I will outline what a successful and truly transformative evolutionary approach to medicine can and cannot be, illustrated with examples from the scientific literature. On the way, we will engage with questions regarding the identification of biological functions, and the appropriate application and understanding of "adaptationism" in medical science. This talk is substantially based on collaborative work with Paul Griffiths.


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Ceux qui le souhaitent peuvent éventuellement consulter ces textes, indiqués par l’intervenant (les deux premiers textes sont en pièce jointe) :

  • F. M. Low, P.D. Gluckman, M.A. Hanson, “Developmental plasticity, epigenetics and human health”, Evol. Biol. 39:650-665, 2012
  • S. A Valles, “Evolutionary medicine at twenty: rethinking adaptationism and disease”, Biol. Philos. 27(2):241-261, 2012
  • P. Gluckman, A. Beedle, M. Hanson, Principles of evolutionary medicine, Oxford University Press, 2009

Séminaire PhilBio invité Marie Kaiser

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Thursday 9 January 2014 - 14:00 to 16:00
IHPST - Salle de conférence

Marie Kaiser de l'Université de Cologne intervient le 9 janvier 2014 au séminaire philbio sur le thème: "On the Limitations of Reductionism in the Biological Sciences".

Séminaire PhilBio invité Laurent Loison

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Thursday 20 March 2014 - 14:00 to 16:00
IHPST - Salle de conférence

Laurent Loison (Université de Strasbourg) intervient jeudi 20 mars à 14 heures dans la grande salle de l'IHPST sur le sujet suivant: "Pourquoi la biologie moléculaire a-t-elle fait le choix du déterminisme?".

Depuis une quinzaine d’années, le déterminisme mécaniste de la biologie moléculaire et une conception rigide et géno-centrée du programme génétique ont été régulièrement critiqués, à la fois par les biologistes et par les philosophes de la biologie. Dans le sillage de ces débats, cette communication poursuit deux objectifs. Dans un premier temps, en m’appuyant sur les textes publiés et non publiés de Jacques Monod et François Jacob, je souhaiterais montrer que cette orientation – consubstantielle à la genèse de la biologie moléculaire – n’est pas le prolongement de lignes de recherche antérieures et traditionnelles. Elle correspond au contraire à une rupture, c’est-à-dire à un choix explicitement revendiqué. Dans un second temps, j’analyserai les raisons qui ont pu conduire Jacob et Monod à opter pour un tel positionnement théorique.

Veuillez trouver ci-dessous le programme des prochaines séances :

  • 24 avril - Livio Riboli-Sasco - Au-delà de l'information, enquête sur les traces biologiques
  • 22 mai - Ellen Clarke - The multiple realizability of biological individuality

Séminaire PhilBio invité Ellen Clarke

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Thursday 22 May 2014 - 14:30 to 16:30
IHPST - Salle de conférence

La prochaine séance du séminaire Philbio aura lieu le jeudi 22 mai, à 14 heures 30, dans la grande salle de l'IHPST (2ème étage). Notre invitée sera Ellen Clarke (Université d’Oxford). Elle interviendra sur la question suivante : « The multiple realizability of biological individuals ».

Biological theory demands a clear organism concept, but at present biologists cannot agree on one. They know that counting particular units, and not counting others, allows them to generate explanatory and predictive descriptions of evolutionary processes. Yet they lack a unified theory telling them which units to count. In this paper, I offer a novel account of biological individuality that reconciles conflicting definitions of “organism” by interpreting them as describing alternative realizers of a common functional role, and then defines individual organisms as essentially possessing some mechanisms that play this role.



La séance sera suivie d’un buffet amical.

Séminaire PhilBio invité Ana Soto

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Friday 20 June 2014 - 14:00 to 16:00
IHPST - Salle de conférence

Ana SOTO (Tufts University School of Medicine ; Ecole Normale Supérieure) intervient jeudi 20 février sur le thème : "Toward a Theory of Organisms".

The theory of evolution has provided an increasingly adequate explanation of phylogeny. However, biologists have yet to generate a theory of organisms that would encompass ontogeny and life cycles, and thus phenomena on the time-scale from conception to death.

We propose that theoretical extensions of physics are required in order to grasp the living state of matter that will help to describe the proper biological observables, i.e. the phenotypes. Biological entities must also follow the underlying principles that we use to understand the inert matter. However, these physical laws and principles may not suffice to make the biological dynamics intelligible at the phenotypic level. Like Galileo, who proposed a principle of inertia as default state in mechanics, we have proposed two aspects of the default state in biology, and a framing principle, namely: i) Default state: cell proliferation with variation as a constitutive property of the living. Variation is generated by the mere fact that cell division generates two overall similar, but not identical cells. ii) Default state: motility, which encompasses cell and organismic movements as well as movement within cells. iii) Framing principle: life phenomena are never identical iterations of a morphogenetic process. Organisms are the consequence of the inherent variability generated by proliferation, motility and auto- organization which operate within the framing principle. From these basic premises, we will elaborate on the generation of robustness, the structure of determination, and the identification of biological proper observables.