La philosophie de la biologie est une discipline académiquement constituée depuis les années 1970 en particulier dans les pays anglo-saxons. Elle combine méthodes d’analyse conceptuelle, modélisation, et attention à la biologie en train de se faire. Pour des raisons contingentes elle a porté à ses débuts beaucoup d’attention à la biologie évolutive. De fait, aujourd’hui la représentation des sous-disciplines de la biologie est plus équilibrée, et les méthodes employées ont plus libéralement recours à l’histoire des sciences comme à la logique formelle. A l’IHPST, les années 2000 ont marqué un tournant, de l’histoire de la biologie (exemplairement représentée par Georges Canguilhem, qui dirigea l’institut) à la philosophie de la biologie. De nombreuses thèses furent dirigées par Jean Gayon sur ce thème, des post-docs et quelques recrutements ont contribué à faire de l’axe « Philosophie de la biologie et de la médecine » dirigé jusqu’en 2017 par Jean Gayon un point de développement privilégié de l’IHPST. L’ACI « Les fonctions dans les sciences biomédicales » a eu un rôle structurant pour le groupe, et a aussi contribué à renforcer des collaborations avec des biologistes. Depuis lors le séminaire de Philosophe de la Biologie (Philbio) (responsables successifs : T. Pradeu, F. Merlin, A. Nicoglou, S. Dutreuil, L. Laplane, G. Pontarotti, C. Bognon-Küss) joue un rôle important pour l’équipe et la formation des doctorants, mais aussi comme lieu incontournable de la philosophie de la biologie à Paris, et lieu d’échanges entre philosophes et historiens de la biologie et biologistes intéressés aux questions théoriques et épistémologiques.